Роман был задуман в 1986 году после чернобыльской катастрофы. Писался 14 лет – с большими перерывами. Начиная с 1986 года, автор делала кое-какие наброски, разрабатывала систему образов, продумывала сюжет до мельчайших подробностей. И в конечном итоге все эти старания привели к потрясающему успеху – в 2000 году роман «Кысь» был опубликован, сразу же получив признание среди широкого круга читателей.
Действие романа происходит после «взрыва», в мире мутировавших растений, животных и людей. В массах прежняя культура отмерла, и только те, кто жил до взрыва (т. н. «прежние»), хранят её. Главный герой романа, Бенедикт – сын «прежней» женщины Полины Михайловны. В романе последовательно раскрывается жизнь Бенедикта – его возвышение от простого служащего до одного из руководителей города-государства.
Герои «Кысь» разговаривают на карикатурном диалекте, изобилующем старинными словечками и выражениями, а также заимствованиями из разных диалектов русского, с вкраплениями изобретённых автором неологизмов. Много слов просторечных и грубых, хотя ненормативная лексика употребляется весьма нечасто. По словам автора, при создании романа её заряжал «дикой энергией» синтаксис писем Ивана Грозного, лишённый привычных современным читателям сложноподчинений и, следственно, «отвергающий причинно-следственность». Поскольку современный городской житель не создаёт нового языка, Толстую вдохновляли воспоминания о языке няньки и кухарки, которые жили в квартире её родителей и изъяснялись на деревенском наречии. По наблюдению Толстой, малообразованным людям старшего поколения был ещё присущ архаический способ восприятия мира, народная способность к языко- и мифотворчеству.

Роман был удостоен известной премии «Триумф», по нему ставили спектакли и сняли литературный сериал. «Кысь» вызвала ожесточённую полемику в литературной среде, став одним из немногих интеллектуальных бестселлеров современной русской литературы: только в 2002 году было продано свыше 80 тысяч экземпляров.

Книга доступна в библиотеках: «Академическая», «Бригантина», «Дом семьи», «им. С. Я. Маршака», «Истоки», «Кольцевая», «Лада», «Лесная», «Лукоморье», «Радуга», «Северная», «Сибирская», «Сказка», «Солнечная», «Фламинго», «Фрегат», «Центральная», «Эврика», «Юность».